يمكن تصنيف البكتيريا إلى 3 مجموعات، أولا البكتيريا الجيدة المفيدة، ثانيا البكتيريا الضارة و ثالثا الجراثيم المتعادلة او المحايدة. على الرغم من أن كلمة "البكتيريا" عادة لديها ارتباط سلبي، فإن الغالبية من البكتيريا هي في الواقع مفيدة وضرورية وقد تكون احد روافد الصحة الجيدة للانسان بشكل عام. فهي توفر مساعدة وتعزيز وظيفة الجهاز الهضمي وكفاءة عمله، مكافحة العدوى وتساعد على حماية وتجديد جدار الأمعاء. الميكروبات المحايدة لا تملك تأثيرا إيجابيا أو سلبيا. ولكن البكتيريا المسببة للأمراض يمكن أن تنتج مواد ضارة وتهيج بطانة الأمعاء والتسبب في حدوث بعض المضاعفات. هذه الانواع الثلاثة من البكتيريا تتنافس مع بعضها البعض أساسا على البقاء والتكيف في الامعاء والتعايش في محيطها. اثناء الولادة وعند مرور الجنين خلال عنق الرحم وبقناة المهبل فانه يتعرض الى العديد من تلك البكتيريا المفيدة والتي تسبح في تلك القناة والتي يتم دخولها الى جوف الجنين حيث تعطيه الحماية من غزو البكتيريا الضارة التي قد تهاجمه مستقبلا. فكأن الاولى هي جرعة لقاح للثانية التي تشكل المرض الحقيقي.