حملت نتائج التصفيات المؤهلة إلى نهائيات كأس افريقيا للأمم – دورة الغابون 2017، بعض المفاجآت، وكانت أبرزها عدم تأهل منتخب نيجيريا إلى النهائيات. فمنتخب النسور الخضر (بطل افريقيا ثلاث مرات) فشل في تصدر المجموعة السابعة، التي تأهل عنها المنتخب المصري، حيث حصل منتخب نيجيريا على خمس نقاط فقط، مقابل 10 نقاط لمصر. كما أن إقصاء منتخب البافانا شكّل مفاجأة للمتتبعين، بعدما حصل على المركز الثالث فى المجموعة الثالثة عشر، برصيد 7 نقاط، خلف الكاميرون المتصدر بـ 14 نقطة، وموريتانيا الوصيف بـ 8 نقاط. وبهذا يغيب حامل اللقب عام 1996 عن دورة 2017.

 ومن بين المفاجآت التي حملتها هذه التصفيات هي تأهل منتخب غينيا بيساو، بعدما تصدره المجموعة الخامسة بـ 10 نقاط، على حساب منتخبات الكونغو، زامبيا وكينيا. ويعد هذا أول تأهل لمنتخب غينيا بيساو، بعد إعلانها الانسحاب أكثر من مرة سواء من التصفيات أو البطولة نفسها. إلى جانب ذلك كانت التصفيات مناسبة لبعض المنتخبات الافريقية للعودة من جديد إلى دائرة التنافس في النهائيات، ومنها منتخبات: مصر بعد غيابه عن 3 دورات الأخيرة، وزيمباوي، الذي يعود بعد آخر مشاركة له عام 2006 في مصر. وأوغندا بعد آخر ظهور له سنة 1978 .