أكد وزير الخارجية المصري نبيل فهمي، السبت، أن قضية مياه النيل تمثّل قضية أمن قومي لمصر، مشدِّداً على ضرورة احترام حقوق جميع دول نهر النيل وفقاً لقواعد القانون الدولي والحقوق التاريخية للدول. وقال الناطق الرسمي باسم الخارجية المصرية السفير بدر عبد العاطي، عقب لقاء الوزير فهمي مع نظيره الجنوب سوداني برنابا بنيامين، إن "اللقاء تناول بشكل مفصّل قضية مياه النيل وأهميتها القصوى بالنسبة لمصر وارتباط أمنها المائي بأمنها القومي"، ناقلاً عن الوزير فهمي تأكيده "على ضرورة تحقيق المكاسب للجميع دون الإضرار بمصالح أي طرف، وأهمية احترام قواعد القانون الدولي والحقوق التاريخية للدول. وأضاف عبد العاطي أن الوزير فهمي أكد خلال اللقاء على عمق العلاقات الثنائية بين مصر وجنوب السودان، وأهمية دور القطاع الخاص في مزيد من تطوير هذه العلاقات في المجالات الاقتصادية والتجارية، وجدَّد التزام مصر بالاستمرار في تقديم كل الدعم الممكن للأشقاء في جنوب السودان لتمكينهم من تحقيق الاستقرار والتنمية وتحسين مستوى معيشة المواطنين هناك فضلاً عن التحرك لدى الأشقاء العرب لدعم جنوب السودان في المجالات التنموية. وأشار إلى أن "اللقاء ركّز على تطوير العلاقات بين البلدين خاصة في المجالات الاقتصادية والتجارية وفي مجالات جذب الاستثمارات". وتابع الناطق باسم الخارجية المصرية، أن الوزير فهمي استمع خلال اللقاء إلى شرح مفصّل حول تطورات الأوضاع الداخلية في جنوب السودان، لافتاً إلى أن وزير خارجية جنوب السودان أكد "أهمية الدور المصري الداعم لعملية السلام في بلاده والتي تقودها منظمة الإيجاد بما يؤدي إلى تحقيق الاستقرار السياسي والأمني والمصالحة الوطنية داخل جنوب السودان وحل مشاكل النازحين جراء الصراع المسلح هناك". كما نقل عبد العاطي عن وزير الخارجية الجنوب سوداني، قوله إن "جنوب السودان تتطلع لدعم مصر لتطوير علاقاتها مع الدول العربية بما يسمح بتدفق الاستثمارات لتحقيق التنمية في بلاده،" وأنه جدَّد الشكر والتقدير لكافة أشكال الدعم المادي والفني الذي تقدمه مصر لبلاده في مختلف القطاعات وتطلعهم لاستمرار هذا الدعم خاصة في مجالات التعليم والصحة والكهرباء والري. وكانت مصر ثاني دولة (بعد السودان) تعترف رسمياً بجنوب السودان كدولة مستقلة، وشارك وفد رسمي برئاسة نائب رئيس الوزراء الأسبق يحيى الجمل، في احتفالات إعلان الدولة الوليدة في عاصمتها جوبا في تموز/يوليو 2011.